Emma, Ray, dan anak-anak yang lebih tua lainnya telah lolos dari kungkungan Grace Field House. Namun, dengan iblis yang tak henti-hentinya berusaha menangkap mereka, pertempuran sulit mereka untuk kebebasan baru saja dimulai. Meskipun bertualang ke hutan belantara yang berbahaya, anak-anak tetap optimis karena mereka memiliki buku yang ditulis oleh William Minerva. Kode dalam bukunya adalah pesan yang merinci dunia di luar pertanian — informasi yang dapat membantu mereka bertahan hidup dengan sumber daya terbatas yang mereka miliki. Tetapi ketika pengejar mereka semakin dekat, anak-anak segera menghadapi situasi mereka yang paling mengerikan. Di Yakusoku no Neverland 2nd Season, anak-anak berjuang untuk bertahan hidup di dunia kejam yang aneh, berjuang untuk menemukan tempat perlindungan yang benar-benar dapat mereka sebut sebagai rumah.