Senkuu telah mencapai tujuannya untuk mengembalikan pencapaian manusia selama dua juta tahun dan menghidupkan kembali keseluruhan dari mereka yang berubah menjadi patung. Namun, satu orang menghalangi jalannya: Tsukasa Shishiou, yang percaya bahwa hanya yang terkuat dari mereka yang membatu yang harus dihidupkan kembali. Saat salju mencair dan musim semi mendekat, Senkuu dan sekutunya di Desa Ishigami menyelesaikan persiapan untuk menyerang Kekaisaran Tsukasa. Dengan model telepon seluler yang kini tersedia kembali, Kerajaan Ilmu Pengetahuan siap meluncurkan skema terbarunya untuk merekrut sejumlah besar pasukan Tsukasa ke pihak mereka. Namun, ini berpacu dengan waktu; Karena setiap hari Kerajaan Sains menghabiskan waktu untuk menyempurnakan penemuan mereka, jumlah kekaisaran bertambah dengan cepat. Bersatu kembali dengan teman lama dan mendapatkan sekutu baru, Senkuu dan Kerajaan Sains harus menghentikan pasukan Tsukasa untuk memenuhi tujuan mereka memulihkan umat manusia dan semua ciptaannya. Dengan kedua belah pihak masing-masing mengejar dunia ideal mereka, Stone Wars sekarang telah dimulai!