Shinichi Kudou, seorang siswa sekolah menengah dengan bakat luar biasa dalam pekerjaan detektif, terkenal karena telah memecahkan beberapa kasus yang menantang. Suatu hari, ketika Shinichi melihat dua pria yang mencurigakan dan memutuskan untuk mengikuti mereka, dia secara tidak sengaja menjadi saksi dari aktivitas ilegal yang mengganggu. Sayangnya, dia ketahuan, jadi orang-orang itu memberinya obat percobaan yang diformulasikan oleh organisasi kriminal mereka, meninggalkannya sampai mati. Namun, dengan herannya sendiri, Shinichi hidup untuk melihat hari lain, tetapi sekarang dalam tubuh seorang anak berusia tujuh tahun. Dengan sempurna menjaga kecerdasan aslinya, dia menyembunyikan identitas aslinya dari semua orang, termasuk teman masa kecilnya Ran Mouri dan ayahnya, detektif swasta Kogorou Mouri. Untuk tujuan ini, ia mengambil alias Conan Edogawa, terinspirasi oleh penulis misteri Arthur Conan Doyle dan Ranpo Edogawa. Detektif Conan mengikuti Shinichi yang, sebagai Conan, diam-diam mulai memecahkan kasus Mouri senior dari balik layar dengan still-nya. keterampilan detektif yang luar biasa, sambil diam-diam menyelidiki organisasi yang bertanggung jawab atas kondisinya saat ini, berharap dapat membalikkan efek obat itu suatu hari nanti.